Ze stříbrných dolů úspěšně prosperovali i místní opati a peníze se do pokladny jen sypaly, takže v roce 1233 mohla být dostavěna velkolepá románská bazilika, která byla v té době největší duchovní stavbou v Čechách. Kladrubský klášter hrál důležitou roli i v otázce vleklého sporu mezi vladařem Václavem IV. a arcibiskupem Janem z Jenštejna. Král chtěl omezit jeho moc, a tak se rozhodl, že založí nové biskupství. To mělo vzniknout právě v Kladrubech a čekalo se na smrt přestárlého opata Racka. K té došlo ve chvíli, kdy byl Václav IV. na hradě Křivoklát. Nemohl tak vznést námitky vůči volbě nového opata, a tak ho generální vikář Johánek z Pomuku, potvrdil. Když se to Václav IV. dozvěděl zuřil, Jan z Jenštejna ale stačil utéct do Říma, vztek se tak obrátil proti Johánkovi. Král ho dal mučit a mrtvé tělo nechal 20. března 1393 vhodit z Karlova mostu do Vltavy. Dál ten příběh znají všichni, na konci stojí kanonizovaný Jan Nepomucký, trochu nepřesné jméno původního Johánka z Pomuku.

Pak přišlo smolné období, kdy byl v roce 1557 klášter zpustošen říšskými vojsky, v roce 1590 se o zbytek postaral požár. Následovalo krátké období zmrtvýchstání, to ale ukončil zrušením kláštera Josef II. Velké dostavby se dočkal klášter poté, co ho odkoupila rodina Windischgrätzova, která přestavěla řadu místních hospodářských budov na knihovnu a zvelebila i okolí.

S kladrubským klášterem je spojen ještě jeden rekord české historie. V roce 1115, tedy v době vzniku benediktinského kláštera, je v naší zemi doložena existence prvního rybníku. Ten vyrostl v těsné blízkosti kláštera a starali se o něj mniši. Dnes se v klášteře konají slavné Kladrubské pouti u příležitosti svátku Nanebevzetí Panny Marie. Méně duchovními, ale neméně oblíbenými, jsou i místní slavnosti vína nebo piva. Benediktínské dny zase nabízejí oživené noční prohlídky kláštera.

Znak města je modrý štít se stříbrnou bránou v kvadrátové zdi. Na ní stojí kříž s ukřižovaným Kristem, Pannou Marii a svatým Janem. V bráně klečí na zelené trávě muž se sepjatýma rukama, v černém rouchu a knížecí čapkou položenou před sebou. Nad bránou je modrý štítek se zlatým písmenem M, nad kterým je zlatá koruna. Štítek drží dva létající andělé. Pravý je oblečený do červené sutany, levý je nahý.